La chiesa di Santa Sofia una delle più importanti testimonianze dell'architettura longobarda nella Langobardia Minor, anche se nel corso dei secoli è stata più volte rimaneggiata, fino ad acquisire il suo aspetto moderno. Fa parte del sito seriale "Longobardi in Italia: i luoghi del potere", comprendente sette luoghi densi di testimonianze architettoniche, pittoriche e scultoree dell'arte longobarda, iscritto alla Lista dei patrimoni dell'umanità dell'UNESCO nel giugno 2011. Il monastero annesso alla chiesa oggi esistente è stato costruito tra il 1142 e il 1176 dall'abate Giovanni IV, in parte con frammenti di quello precedente dell'VIII secolo, distrutto dal terremoto del 986. La sua parte più notevole è il chiostro, dalla struttura romanico-campana arricchita dal gusto arabo. È a pianta quadrangolare, composto da quindici quadrifore ed una trifora, che, nell'angolo a sud, ripiegando con la quadrifora dell'altro lato per dare spazio alla chiesa, forma un angolo sporgente di bell'effetto, esistente forse già nel primo chiostro costruito intorno all'VIII secolo. Al centro del giardino, un capitello incavato funge da pozzo. Le aperture del chiostro sono adornate da 47 colonne di granito, calcare ed alabastro, ciascuna con la sua caratteristica, che su ciascuno dei lati si inseguono in una prospettiva composita. Poggiate su basi alte 50 cm, dimostrano il gusto creativo teso all'originalità dell'opera, tipico del tempo, come i capitelli ed i pulvini elaboratissimi, sfaccettati con le figurazioni più impensate: fogliame, allegorie, profili di figure umane e di animale, colte in momenti di vitalità e di forza. A partire dall'entrata dell'abbazia situata a sinistra della chiesa e procedendo in senso antiorario, si riconoscono tre sequenze, ad opera di tre monaci detti il Maestro dei Mesi, che realizzò una serie dei lavori agresti dell'anno (di cui sono riconoscibili sono quelli da giugno a dicembre), il Maestro dei Draghi e il Maestro della cavalcata di Elefanti. Gli archi delle aperture sono a sesto ribassato, di gusto moresco. Essi sostengono la terrazza al piano superiore, con la suggestiva passeggiata su cui si aprono le stanze dell'ex monastero, che hanno subito svariati restauri e ammodernamenti.