Nel sito, dove si diceva fosse stato crocifisso san Pietro, è citata già nella prima metà del IX secolo l'esistenza di un monastero beati Petri quod vocatur ad Ianuculum. Il complesso di chiesa e monastero passò nei secoli ai Benedettini, ai Celestini (a questo punto - siamo nel 1320 - la chiesa si chiama "Sancti Petri Montis Aurei"), agli Ambrosiani, e alle monache cistercensi. Nel 1472, gli edifici completamente fatiscenti e un vasto terreno attorno furono assegnati da Sisto IV Della Rovere alla congregazione francescana di Amedeo da Silva, il quale fece restaurare ed ampliare il convento, e demolire la vecchia chiesa iniziando la costruzione della nuova. La ricostruzione rientrava nel programma di sviluppo edilizio voluto da Sisto IV, e fu anche occasione di diplomatici contributi finanziari, prima da Luigi XI di Francia al papa Della Rovere, poi - più sostanziosi - da Ferdinando II e Isabella di Castiglia al papa Alessandro VI Borgia, che consacrò la chiesa nel 1500. Il progetto è attribuito da alcuni a Baccio Pontelli (ma il Vasari, che cita la notizia, se ne dice incerto), da altri a Meo del Caprino, realizzatore negli stessi anni, per un altro della Rovere - il cardinale Domenico - del Duomo di Torino. La chiesa è abbellita da capolavori di eminenti artisti del XVI e XVII secolo. Nel primo cortile del convento vi è il cosiddetto tempietto del Bramante (foto 6-13), risalente ai primi anni del XVI secolo e considerato dalla critica uno degli esempi più significativi d'architettura rinascimentale. Trattasi di un monumento celebrativo di piccole dimensioni, sopraelevato e periptero, dedicato al martirio di San Pietro. Il tempietto ha un corpo cilindrico scavato da nicchie di alleggerimento e circondato da un colonnato tuscanico sopra al quale corre una trabeazione decorata con triglifi e metope a tema liturgico di origine greca. L'interno della cella ha un diametro di circa 4 metri e mezzo. La cupola, progettata in conglomerato cementizio, ha un raggio pari alla sua altezza, e all'altezza del tamburo su cui si appoggia. Secondo i progetti iniziali, il tempietto avrebbe dovuto inserirsi al centro di un cortile circolare, non realizzato (l'attuale è di forma rettangolare), così da evidenziare la perfetta simmetria dell'impianto e sottolineare la centralità del tempio.